El municipio de San Juan Lajarcia se encuentra ubicado en una parte baja, está rodeado de cerros, al norte se encuentra el Cerro del Tambor, al este se encuentra el cerro de la cruz 3 de Mayo, al sur el cerro del Guamol y al poniente con pequeños elevaciones. Se encuentra a una altura de 900 metros sobre el nivel del mar.
COLINDANCIAS.
Al este con agencia de Santa María Lachixonace (rio hondo), al sureste con la comunidad de Santa María Ecatepec (Municipio), al sur con San Bartolo Yautepec, al suroeste con la ranchería de Santiago Vargas, al Oeste con la agencia de Chiguiro y con el pueblo del Camarón, al noroeste con el municipio de Nejapa de Madero y al norte con Santa Ana Tavela.
El municipio de San Juan Lajarcia cuenta con un número de habitantes de 800 y tiene en posesión 8500 hectáreas dedicadas a la ganadería de las cuales están distribuidas en diferentes medidas de potreros y contando con una superficie de 900 hectáreas para la agricultura.
